1936年，他再度回国休假，他把小博物馆的文物安置到学校一个仓库内的地下室内，把八千多片甲骨分装三个大木箱中委托英籍教授林仰山照看。他一直想去北平和天津一趟，把那里的甲骨都运到齐鲁大学保存，但由于平时教学繁忙，事情就一直耽搁下来。他也经教授、麦克尼教授通信，得知那些甲骨都安然恙，所以也很是放心。这次回国时他还在想，休假归来后，一定要去把那些甲骨运过来。但他万没想到，此一去他再也没能来到中国，更没有机会去把那些甲骨运到一起来。
1937年，日本发动大规模侵华战争，齐鲁大学准备向西南大后方转移，迁往四川成都一带，明义士担心存放在校园里的甲骨和其他文物，着急要返回中国，妻子安娜坚决反对。
安娜想法联系到留在齐大的牧师凯蕾和奥利娃，让她们找到已担任代理校长的林仰山教授，把那些甲骨埋藏起来。不久，她收到凯蕾和奥利娃的回信，告诉她“那些甲骨已经妥善埋藏起来”。信中还附带了一张埋藏甲骨箱的地点标示图，图中标明埋藏地点在校园绿荫区图书馆后边的一个隐蔽的角落里。
回不了中国，明义士便到安大略皇家博物馆远东部上班，继续从事他的研究工作，可是手边没有甲骨，他感觉研究非常困难。他盼望中日的战争能早点儿结束，他可以重新回到他熟悉的齐大，去继续他的研究和教学。
战争没完没了，明义士奈，他只好忍耐着继续在安大略博物馆勉强维持研究工作。妻子安娜见他心绪不宁，便出主意说：“亲爱的，你应该趁此机会考取博士学位，这是一个非常好的机会，可以实现你一直想戴上博士帽子的心愿。”
明义士早已有此想法，他一直犹豫，不去报名的原因是他的老上司大主教怀履光也从中国回来了。而且被聘为多伦多大学教授兼安大略皇家博物馆远东收藏部主任，他还担任了多伦多大学博士生论文评审组组长。那年在安阳没让怀履光倒卖他的那些甲骨，显然是得罪了这位大主教。这时去考多伦多大学的博士，明义士担心怀履光会报复。他对安娜说：“大主教是很有心计的，他不会放过我。”
安娜一再鼓励，明义士便鼓起勇气报了名。怀履光见到他，很热情地问候安娜和几个孩子，又感叹在中国共同度过的岁月，也很关心地问起了他的那些甲骨。怀履光以长者的口吻说：“你花费了那么多钱收藏的甲骨，应该发挥它的价值。”并且告诉他多伦多大学愿意收购他的那些甲骨，希望他能尽快想办法把它们弄到加拿大来。接着还说道：“你若想赚更多的钱，我可以联系大英博物馆等买家。”
明义士想说那些甲骨好像已经是我生命的一部分，我从来就没打算出卖那些甲骨，也不想用它们来赚钱。但他知道要想取得多伦多的博士学位，是不能得罪这个评审组长的。他改口说：“中国战乱不止，我目前也不知道那些甲骨的命运，也许它们已经到了日本人手中。”
“好吧，我知道你的意思。”怀履光悻悻地说道。
明义士自学了考取博士的全部课程，可是他的毕业论文却总是不能过关，直到多年后，多伦多大学有了新的校长，他的论文《商戈才获得通过。
获得了博士学位，明义士更盼望中国的战争能尽快结束，他好回到常常出现在睡梦中的齐大去。
可是，战争还在进行，仿佛看不到它的尽头。明义士给在北教授写信，请他照看储藏在华北联合语言学校地下室中的那些甲骨。不久彼特斯回信告诉他：“那些甲骨安然恙。”
此时，麦克尼士先生已经回国，只有他的女儿格兰斯通小姐还留在中国学习华文。明义士又给格兰斯通小姐写信，告诉她：“在你父亲的阁楼上烟囱的后边,存放着一批很有价值的甲骨和其他文物。希望你能帮我照看也，等我回到中国后，再继续研究它们。”格兰斯通也回信告诉他甲骨还在那里。
明义士天天盼望战争结束，可是一直没有好的消息。焦虑中，他开始失眠了，整夜整夜睡不着，还常常冒虚汗，心烦意乱，后来竟然胸闷气促。安娜带他去看医生，检查结果竟是他的心脏房室肿大，医生叮嘱：“一定要休息静养，切不可再劳神费心。”
安娜眼泪汪汪地告诉他：“这是上帝的安排，我们只能听命。”
回不了中国，明义士奈地在家中静养，太思念那些甲骨的时候，他就拿出那些往返中国的信件和凯蕾和奥利娃绘制埋藏甲骨的标示图看看，而这样也往往会让他流泪不止。
一天，他把那些信件和那张标示图交给儿子明明德，对安娜和明明德说：“即使我不在了，你们也一定弄清这些甲骨的下落，如果能找到，绝不可卖给商人，最好把它们捐给齐大，这是我的最后的心愿。”
后来，天津的那些甲骨被格兰斯通小组带到了加拿大，安娜和明明德捎给了加拿大皇家安大略博物馆，藏在北京和齐大校园的那些甲骨分别被北京故宫博物院收藏——此乃后话。