董作宾由于在殷商遗址发掘和甲骨研究方面成绩骄人，引起他女儿的同学、北大才女熊海平的爱慕。董作宾女儿董玉纫将此事告诉了她的母亲，钱氏平静的说：“你奶奶在世时就说过，这是迟早的事，只要他对你们好就行，不要管我。”
此次，董作宾代表中央古物保管委员会前往考古工地监察殷墟发掘工作。此时，他正与女友熊海平处于热恋之中，便违反中研院“野外考古不得携带眷属”之规定，携熊海平同行，且同寓史语所住地，有时还带女友同往殷墟考古发掘现场。这一下了引起了很多关注，一时间花边新闻不胫而走。那些对考古发掘团恨之入骨的盗墓团伙趁机兴风作浪，他们添油加醋到处传扬“发掘团男盗女娼”之类的桃色新闻，在当地闹得沸沸扬扬，后来又直接告到河南省政府，说中研院发掘团“诱拐良家妇女”、“逼良为娼”，他们编造了一些诸如“被骗妇女家属血泪控诉”的故事，写成诉状递交河南省政府。河南省政府函电中研院，要求史语所停止发掘，整顿队伍。
殷墟考古发掘受到影响，傅斯年大发雷霆，宣布自己对下属管束不严而要引咎辞职，李济、梁思永奈也只好宣布辞职，董作宾自然也只得辞职谢罪。一时间弄得史语所几乎分崩离析。后来蔡元培又致函河南省政府说明情况，丁文江又亲赴安阳，周旋数日才平息了这场风波。
风波平息，1935年秋，殷墟第十二次考古发掘继续进行，这次他们每天雇佣500多人在侯家庄西北岗、范家庄和大司空村进行发掘。很快在西区又挖掘出三座带有四条墓道的大墓和一座未建成的大墓。在东区又发掘了1座带4个墓道的大墓和两座带两个墓道的大墓,785座小墓，大部分为祭祀坑，出土了大量青铜器、玉石器、骨器和仪仗器。尤其是出土了一件罕见的蟒皮或鳄鱼皮鼓。
至此，发掘团在侯家庄西北岗共发现了十座商王大墓，7座在西区，3座在东区。
董作宾在发掘报告中，总结这几次发掘时写到：殷墟考古“从第十次到第十二次，转变了方向，开始研究殷代的陵墓，发掘地点在侯家庄的西北岗及范家庄和大司空村一带。这三次可以说是异军突起，别开生面，工作兴趣的紧张和热烈，造成了伟大而惊人的成就。”“西北岗一带确是殷代帝王陵墓所在之地，所发现的十个大墓，可能都是殷王之墓。殷代自盘庚迁殷，至于帝辛凡十二王，除了帝辛之外，还有十一个王，可能都葬在此地。”
1935年，日本侵略军在华北制造了一系列事变，策动华北自治。华北是中国重要的煤炭生产基地，一旦被日本全部控制，中国的煤炭供应将非常困难。为此，丁文江受铁道部委托，到湖南调查煤炭资源。不料第二年元月在宾馆煤气中毒不幸身亡。这对李济和整个殷墟考古发掘都产生了很大影响。
李济感觉到殷墟的考古也面临着很大的威胁，他鼓励全体队员像丁文江一样努力做好自己的工作，尽一切努力做好殷墟的考古发掘工作。由于国家博物事务缠身，他一时走不开，梁思永又赴山东日照大孤堆龙山文化遗址考察未归，李济便安排郭宝钧主持第13次殷墟考古发掘工作。1936年3月18日，考古队员进入安阳殷墟，他们在发掘工地悬挂出了“风雨如晦，鸡鸣不已”的标语。由于王陵区大墓已发掘完毕，按照梁思永规划，他们此次留少量人员在洹水北岸继续挖沟探寻，主力转移到小屯宫殿区发掘。两个多月过去，他们没有一点重大发现，郭宝钧感到特别懊丧。
6月12日，临近收工时，负责C区即张学献家七亩地中发掘的王湘，在一个编号127探坑的一侧壁上发现一块有字甲骨，接着向里挖掘，在不到半立方的泥土中竟取出一千七百多块甲骨。郭宝钧决定停止其他工地的发掘，全力做好H127坑的保护与发掘工作。郭宝钧当天下午到城里给在南京史语所的李济发电报报告了这一发现。
当夜，发掘组的成员大都没有回住地休息，连夜守护着H127坑。第二天，经过细致的观察分析，组员潘悫再给李济写信说明情况：
“H127坑甲骨之完整，是自有甲骨发现以来未尝有过的，且为数之多，殆法估计......龟板积叠有序，是精心之储藏，且有人为守，当即贞人欤？
同人昨日夜守坑旁，毫倦怠，精神至为兴奋......”
李济本来是要到四川出差，代表教育部去审定四川大学皇城新校区的设计方案，得到H127坑重大发现的消息后便决定先到安阳。
为了确保能完好出土每一片甲骨，发掘团决定将H127坑甲骨连泥土整体挖掘出来，装箱运往南京史语所，在室内进行提取。他们用了四天时间，将H127坑整体挖开露出，形成一个甲骨堆积柱。
城里的木匠师傅到现场看过后，说没有那么厚实的木板做木箱。郭宝钧便让众人四处寻找大树，连夜锯成厚实木板。工人将甲骨坑向四周扩大，从甲骨柱正上方吊着将木箱框罩住甲骨柱，然后在甲骨柱下边土层中分块穿入木箱底板，用了五天时间才将甲骨柱装入木箱之中。然后又挖出坡道，用木板铺成木轨，众人连推带拉，又用了两天时间才将大木箱弄到地面之上。
发掘团估计甲骨箱有三吨多重，当时没有能承载如此重物的车辆，发掘团原来的住地袁家花园西边住着一个叫李绍虞的能人，他是当年安葬袁世凯时杠房灵车的总指挥，智巧多能，在当地很有名气。发掘团请他帮忙，他很乐意。他将四根大杠捆扎到甲骨箱上，然后每角用八根木杠系于大杠之上，四角32根木杠，共用64人抬杠。李绍虞事先训练抬杠工人，他手提一面铜锣，锣响一声，人员就位；锣响二声，杠子上肩；锣响三声，抬杠挺身；锣响四声，一齐开步。然后跟着锣声，步步向前。
训练过后，李绍虞就这样指挥着“杠班”，一步一步向车站挪动。小屯村距离火车站不足3公里，他们整整走了两天，才将甲骨箱抬到站台上。又费了九牛二虎之力，才装上了火车。
惊世“国宝”运抵南京，引起极大轰动，各界人士争相传递这个特大新闻，当时不少达官贵人、政府要员亦附庸风雅，前去观瞻。正在南京的汪精卫也亲临现场“指导”工作，他指着甲骨箱说：“哇！好一个大龟呀”。引得在场学者哑然失笑，汪看了半晌、听了介绍，才恍然大悟：“啊——原来是好多龟啊！”
为了永久保存127坑“原汁原味”的面貌，史研所专门请了一位技艺高超的工艺匠师，选用上等的汉白玉材料，雕琢了一个YH127坑甲骨标本模型，上面刻有中央研究院、研究所、考古组、安阳发掘工作人员、南京室内发掘等相关领导及人员的名单。
127坑甲骨南京室内发掘序幕由董作宾、梁思永和胡厚宣揭开，他们仔细察看甲骨堆积的情形，每发掘一层总是先照像留影，并把每一块甲骨的样子都详细描绘出来，编上号，每版装一个纸盒内，每层甲骨都分架放置。工作人员一丝不苟地发掘了三个月，才将127坑甲骨柱发掘完毕。共发掘出刻辞甲骨12000多片，加上在小屯时就发掘出的5000余片，共出土了有字甲骨17096片，其中有字的完整龟甲就有三百多版。后又花了五个月的时间把发掘出的甲骨进行了缀合、摩写。经董作宾研究，这坑甲骨是武丁时期的，记载了占卜、战争、祭祀等内容，其所含信息十分珍贵，董作宾写信告诉梁思永和李济：“我们找到了殷商王朝的‘地下档案库’”。