史语所在安阳殷墟考古发掘，正值国内战事不断，风云变幻之际，1931年“九.一八”事变又突然爆发，国内阴云密布，时局变化往往给考古发掘带来很大影响，11月，蔡元培到北京视察史语所新址，为了鼓励他们，他引用了《诗经.郑风中的两句诗“风雨如晦，鸡鸣不已”。他告诉大家：“我们就是要在昏暗的黎明前像雄鸡一样，鸣叫不止，我们一定能唤来日出，驱散满天阴云。”随后，他又写成字幅，派人送给正在安阳殷墟的考古发掘团。梁思永与董作宾将字幅贴到发掘团住地，在此后多年的殷墟考古发掘中，发掘团成员常以此勉励自己。
“九.一八”事变后，日本京都大学教授矢野仁一发表了《满蒙藏非支那本土论，的文章，傅斯年立即组织徐中舒、蒋廷黻等人赶写了《东北史纲一书，驳斥矢野仁一的言论，李济也放下手头事务，迅速将它翻译成英文，递交国际联盟，在国际上揭露日本侵略行径。
这年，董作宾的《大龟四版考释发表，董作宾通过对它们的研究，发现了甲骨文中的“贞人”，就是主持占卜之人。殷人尊神，先鬼而后礼，率民而事神。“贞人”通过拜受神命传达神谕，拥有极高的政治地位，他们一般由部族首领或是朝中重臣担任。董作宾通过对“贞人”的研究分析，发现了甲骨文的时间线索，开始了对甲骨文的断代研究。
1932年4月，李济主持的第六次殷墟考古发掘正式开始，参加发掘的有董作宾、刘屿霞、石璋如、吴金鼎、周学英、王襄和李光宇等人。他们发现E区的夯土遗址规模比第五次发掘出的规模要大得多，全部发掘完整后，测量出这是一个长三十多米，宽十米的大型版筑夯土遗址，基址的边缘规律地排列着廊柱础石，有三座门，后经反复研究，他们基本认定这是殷商宫殿建筑遗址。
安阳殷墟的考古发掘始终伴随着与当地的土匪和盗墓团伙的斗争。在盗墓团伙看来，地下的那些文物是他们发财的宝贝，而考古发掘团组织发掘是挡了他们的财路，所以心里对他们恨之入骨。
第六次发掘刚结束，大家还没来得及庆贺殷商宫殿基址被发现，就迎来一场官司：安阳县绅士许善卿在接受了一伙盗墓贼的钱财后，一纸诉状将李济告到县政府。他借考古发掘中曾意挖掘到一个主坟墓为由，状告考古发掘团依仗权力，挖掘百姓祖坟。后虽经县政府证实那只是一个早已没有后人且没有坟头墓堆的主墓穴，与强挖“百姓祖坟”毫不相干，事情虽不了了之，但对考古发掘团造成很大压力。
就在安阳殷墟第六次考古发掘的时候，与殷纣王新都城朝歌隔河相对的浚县辛村发现了一座西周古墓，出土了很多大型青铜器。豫北盗墓团伙头目、土匪郭小六便率众公然大肆挖掘地下文物。他与当地驻军勾结，持枪挖掘，人敢管。后因分脏不均，起了内讧。浚县教育局长将此事秘报省政府，省政府才派人干涉，并邀请中研院史语所前往考古发掘，李济便安排郭宝钧带队前去发掘。
郭宝钧一行到达辛村后不久，邻乡庞村的区长要请郭宝钧吃饭，郭宝钧与此人素不相识，也闻知此人是当地有名的恶霸，明知他缘故请自己吃饭，摆的是鸿门宴。但为了能维持考古发掘，郭宝钧还是带一些礼品，前去赴宴。
席间，那区长目露凶光，故意老都盯着别人脖子看，其手下有人故意问道：“区长大人为何老看别人的脖子？”
那傢伙一脸狞笑，道：“想看看日后如何下刀。”
郭宝钧明知他是威吓自己，却镇静自若，对他们的表演看也不看，自顾吃饭。最后起身从衣兜里掏出省主席刘峙签发的政府令，说：“这是省长刘峙将军签发的手令，我等奉命前来贵地考古发掘，还请区长与各位乡绅多多支持，宝钧在此谢过各位。”
那区长自然知道刘峙的威名，看过刘峙的手令，舌头像是短了半截，结结巴巴地一个劲儿表示：“一定，一定......”
随后，史语所又申请省政府派兵保护，才使浚县辛村考古发掘得以进行下去。
1932年10月19日，李济主持的第七次殷墟考古发掘开始，这次发掘的主要目的是要继续探明商代建筑基址，经过两个多月的发掘，他们发掘的夯土遗址论数量还是规模都远远超越上次，他们充分证实了这里就是殷商王朝的宫殿区域。
过去发掘往外运土，全靠工人用箩筐肩挑，第六次发掘时，仅小屯B区就有65名工人，工地上人来人往，热闹异常，但工效甚低。这次李济和董作宾通过安阳县政府从六河沟煤矿借来二百米轨道和两辆矿井用铁斗罐车。把从E区挖出的土方，经过甲六基址运往甲四基址的外侧。铺好铁轨开始运土时，工地的工人都好奇的围过去观看。一个工人推着装满土的罐斗车刚走不远，考古队员李光宇与马元材跑过去，仨人推着斗车，加快了速度。马元材一边用力推着斗车，一边高声喊道：“我们殷墟考古也成了机械化啦。”旁边就有一工人喊道：“那以后你就当机械工吧。”惹得人们一阵轰笑。
殷墟的发掘，引起了世界史学界的关注，著名的法国汉学家伯希和在阅读了李济撰写的《安阳殷墟发掘报告后，认为对中国历史的研究意义重大，便向法国的考古与文学研究院提议，将当年的重大历史学奖项——儒莲奖（被称为世界汉学界的“诺贝尔奖”）颁发给中国史语所，并颁发1500法郎奖金。中研院院长蔡元培亲笔复函致谢：
“本院历史语言研究所考古组稍有发现，竟承嘉许，荐于考古与文学研究院，本院史语所得领于儒莲奖，深感先生提倡盛意。本所同仁当益益勉励，以副期望。敝国以水灾及兵事之影响，经济困难，敝院亦感竭蹶；然一切研究工作，均积极进行，安阳发掘，亦积极工作，敬希勿念。”
1933年，殷墟第八次考古发掘时，李济奉蔡元培之命组建中央博物院，董作宾发表过《甲骨文断代研究例后，又开始撰写《骨文例，所以，这次发掘由郭宝均主持进行。他们来到安阳袁家花园后，看到里边已经住进了军队，郭宝钧前去交涉，谁知那军官没等他把话说完，一拍桌子嚷道：“想赶老子走，你问问他吧。”说着从腰间拔出手枪，拍到了桌子上。
郭宝钧奈，只好去找当地政府，那县长说：“这伙兵惹不起，你们搬到城里来吧。”
那县长唤人安排他们住到了城里的冠带巷，此处离殷墟小屯村是远了点儿，但房舍还算宽敞。安置好住地，发掘团即进入小屯村展开发掘。