移师村边道路挖掘，队员们信心满满。
为了长期整体有序发掘，董作宾把最先挖掘的村东北谷地编为一号区，村北近洹河谷地编为二号区，村中编为三号区，村边道路开挖处编为四号区，而且把所挖的每一个探坑也都编了号。当挖到第37坑时，刚挖到五尺来深，出现了一个龟版层，在黄色沙土之中，三五个龟甲相互粘连在一起，横七竖八地散布其间。董作宾连忙下到坑底，和队员们一起小心翼翼地提取龟甲。
经过大半天时间的细心提取，最后清点共出土了有字龟甲135片，字龟甲175片。战果辉煌，考察队员个个笑逐颜开。当晚，董作宾统计了一下，这些天他们一共挖掘到有字龟甲555片，有字兽骨299片，还有骨器、陶器、玉器、蚌器等近3000件。
高兴之余，董作宾又担心起来，这几天，负责保护他们的县自卫团领队队长不断给他说当地治安越来越混乱，安阳城东部的一些土匪，四处抢劫、绑票，公然和安阳驻军武装对抗。近几天也发现小屯村附近有一些来路不明的陌生人出现。他们担心有土匪在打那些刚出土甲骨的主意。
治安形势严峻，天气也越发寒冷，董作宾便与诸人商量结束第一次科学考古发掘小屯甲骨活动。他到安阳县县政府向县长赵信说明了情况，赠送了手书的感谢字幅，又与张学献结合做好了小屯村善后工作，便带领考古队搭车南返。由于甲骨须存放到河南省博物馆，他让其他人员返回了广州，自己与王湘便带了此次发掘的甲骨返回了开封。
在开封，董作宾很快写出《民国十七年试掘小屯报告书派人送交傅斯年，然后又埋头考释那854片甲骨。他从中优选了392版，逐一摩写，统编序号。共编381号，其中96号、195号包括一片甲骨的正反两面，322、306、309号缀合成一块甲骨，320、337号缀合成一块甲骨。最后编订成《新获卜辞写本，《写本共分六章：第一章地下之知识；第二章时代之考证；第三章文辞之研求；第四章契法之探讨；第五章骨料之发现；第六章涂饰之一斑，详细阐述了这次考古发掘的各种收获。
由于没有专业的考古知识，董作宾根据小屯地下甲骨分布凌乱，地层中又常有密集的如波浪形的凹凸漩涡，判断其为漂流淤积所致，其零散参差者，乃水流冲散之故，其采得甲骨较多之处，乃是水流之漩涡，并非甲骨的原存放之处。
傅斯年看完《报告书和这本《新获卜辞写本后，大为赞赏。史语所专门召开了“安阳殷墟小屯甲骨第一次科学考察庆功会”，傅斯年在会上指出：“这次科学发掘安阳小屯地下之甲骨，以可辩驳的事实证明了甲骨文是真实存在的。如果说在此之前，从严格的科学意义上说，甲骨文的存在没有权威认定，只能是民间流传之说，那么，今天我们可以毫不夸张地说，它已经被科学机构作出了科学认定。”他针对之前学术界一直存的甲骨文“虚假说”、“伪造说”进行详细阐述。说明“以前的怀疑是因为没有权威机构的科学认定，人们囿于当时的认知水平，想当然地推论出甲骨虚假、伪造的主观结论。现在科学的考证，铁一般的摆在眼前，相信人们自然不再会怀疑甲骨文存在的真实性了，即使是章太炎这样的国学大学也一定会重新审视甲骨文真实存在这一事实，改变固有的观念。”
史语所将安阳殷墟发掘定为长期的工作任务，为了能及时报道殷墟发掘成果，还专门创办《安阳殷墟发掘报告刊物，1928年12月，首期即发表了董作宾撰写的《民国十七年试掘小屯报告书和《新获卜辞写本。
傅斯年与董宾一起跑到南京把刊印好的《报告书和《新获卜辞写本送给蔡元培。蔡元培看后一边称赞，一边感叹道：“若是王静安在世，你们应邀请他作指导，那会少走很多弯路，也会有大发现。”
董作宾说道：“那是自然，我这点儿甲骨知识都是跟他所学。”
蔡元培又嘱咐道：“你们一定要把这《报告和《写本设法送给冯玉祥将军，这次你们能成功发掘小屯甲骨，全靠他支持。现在他虽然到南京任职，但河南仍是他的地盘，那些军政要员大多是他的旧部，你们在河南地界考古，还离不开他的支持。”
傅斯年说：“现在，我们需要把甲骨存放到河南省博物馆，对研究很不方便，能不能跟冯将军说一下，让我们带回史语所。”
蔡元培说：“这事要从长计议，现在国家战乱不断，不如意事十之八九。现在发掘保护要紧，你们别怕麻烦，尽一切努力，把这些地下瑰宝抢救出来，别让私掘乱挖给糟蹋完了。”
傅斯年与董作宾点头同意，蔡元培又问：“李济之的事现在怎么样了？”
傅斯年说道：“上次您推荐后，杨杏佛先生与李四光所长也都认为李济之任考古组组长比较合适。他现在正在美国讲学，我已经给他发了邀请函，估计快要回来了。”
从蔡元培办公室出来，二人又去拜会了冯玉祥，表达了谢意。董作宾送上《报告和《写本，说：“这是我们这次发掘后所写的报告，请您指教。”
冯玉祥很是客气地说：“抽时间我一定拜读。以后有什么事，你们和省政府那班人多协商。”
傅斯年说：“好，我们一定与省府多多联系，也还要请您多多关照。
这时，冯玉祥的电话响了，他们二人便起身告辞。
傅斯年、董作宾回到广州不久，李济也归国到了广州，三人见面寒暄一番，话题很快便转到了殷墟发掘之上。董作宾扼要介绍了殷墟发掘的经过，李济急于弄清殷墟地貌等实况，便提出再赴安阳的建议。
傅斯年想了想说：“年关将近，安阳又土匪猖獗，你们年前先再去殷墟考察一下，制订一个方案，明年春天再组织发掘。”
商议停当，他们又叫上董光忠，三人一起搭上了北去的火车。
到达殷墟，他们遍踏小屯村周边，详细观察地形地貌，李济一边观察，一边绘制了一些草图。
勘察结束后，李济去往北京，交接清华大学的工作，董作宾要顺道回南阳老家看看母亲，董光忠陪同一起去了南阳。
春节过后，他们又聚齐到了广州，制订了二次发掘小屯甲骨计划。他们商定，这次发掘以李济为组长，负责全面筹划、实施发掘计划，董作宾负责外围联络与甲骨考释。另外助理员董光忠、测绘员张蔚然、事务员王庆昌、王湘等都已到位，个个摩拳擦掌，整装待发。
1929年3月，董作宾了解到安阳增加了驻军，土匪的猖獗气势有所收敛，发掘组随即乘车北上。
这次考古发掘还有一个特殊人物也参与其中，他就是几个月即因为发现北京人头骨化石而闻名于世的裴文中。
裴文中，1927年北京大学地质系毕业，毕业等于失业，直到1928年春，才在时任北洋政府地质调查所所长翁文灝帮助下，参与到北京周口店龙骨山古生物化石考古研究工作中。由于他学的是地质找矿专业，对脊椎动物的化石一所知。主持此项考古工作的杨钟健先生便分配他做管理工人和记帐的工作。但裴文中特别好学上进，他一有时间，就同其他考古队员一起，上山寻找、采集化石标本。这年年底，龙骨山发掘已经到了第五层，这是个坚硬的石层，其中动物骨骼很少，人们认为龙骨山已是“鸡肋”，不会有大的发现。便纷纷撤离，瑞典著名生物学家布林博士辞职而去，就连主持此项工作的杨钟键先生也辞去职务，到别处研究新生代地质去了。翁文灝便任命裴文中主持此项工作。此时裴文中听说在美国学习人类学的李济与董作宾在安阳殷墟从事考古发扬，便通过北大的老校长蔡元培联系到了他们，并约好了行程。