武德九年(626年)8月8日，朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允许他见机行事。魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。魏徵说:"我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢!虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢!我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢!"于是，他将李志安等人一律释放。太子李世民得知此事后甚为高兴。
李世民即位后，于贞观十七年二月廿八戊申日(643年3月23日)下令将宫廷画师阎立本所画的辅佐他平定天下，安邦治国的二十四位功臣的画像悬挂于宫中凌烟阁之上，世称这二十四位功臣为"凌烟阁二十四功臣"，其中大部分功臣都参与了"玄武门之变"的谋划，在政变前就属于世民一党或支持世民一党，也有如魏徵这样原太子建成一党、后来为太宗所用的能臣。
高祖退禅
武德九年(626年)7月14日，高祖将亲笔诏书赐给裴寂等人说:"朕应当加上太上皇的尊号。"表达了自己要退位和内禅的想法。
武德九年(626年)7月27日，撤销了太子李世民兼任的天策上将府邸，为李世民登基做准备。
武德九年(626年)9月3日，高祖颁布制书，将皇帝位传给太子李世民，自为太上皇，仍居于大内皇宫正殿--太极殿。李世民坚决推辞，高祖不许。
高祖颁布传位制书的第二天，即武德九年八月初九甲子日(626年9月4日)，太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，从此开始了他辉煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日(627年1月23日)改元贞观。太宗在位期间文治昭昭，武功赫赫，史称"贞观之治"。
折叠追谥过继
太宗即位后，于武德九年十月初一丙辰日(626年10月26日)下达诏书，追封已故太子皇兄李建成为息王，谥号为隐，是为息隐王;皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，是为海陵剌王，以皇家丧礼重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋门大哭一场，显得十分哀痛。谏议大夫魏徵、王圭两人上表请求陪送灵车到安葬地，太宗答应了他们的请求，并命令原东宫和齐王府的幕僚属官都去送葬。从太宗给两位兄弟的封号和谥号来看，疑是降低了他们的地位身份:李建成原为皇太子，降为息王(亲王级别)，谥号为隐，是中下等谥号(按谥法:"隐拂不成曰隐。不显尸国曰隐。见美坚长曰隐。"指本性难改，言过其实。又:"隐，哀也。"指柔弱短寿);李元吉原为齐王(亲王级别)，降为海陵郡王(郡王级别)，谥号为剌，是下等谥号(按谥法:"愎很遂过曰剌。不思忘爱曰剌。"指刚愎自用，忘恩负义。)。
贞观十三年(公元640年1月5日)，太宗封庶出皇子李福为赵王，过继给已故皇兄李建成为嗣。
贞观十六年(公元642年7月8日)，太宗再次下诏恢复息隐王李建成皇太子的封号，改封海陵剌王李元吉为巢王(恢复为亲王级别)，谥号不变，故后世称两人为"隐太子"、"巢剌王"。两人生前的身份地位恢复了，但恶谥依然伴随着他们。
太宗去世后，其子李治继位，是为唐高宗。高宗于显庆年间下达诏书，令太宗的小儿子、自己最小的弟弟曹王李明，过继给已故皇叔李元吉为嗣。
李元吉(603年-626年7月2日)，本名李劼，小名三胡，陇西郡成纪县(今甘肃省秦安县)人。唐朝宗室大臣，唐高祖李渊第四子，母为太穆皇后窦氏。